Onat, jeotermal sular, magmatik kökenli ve derinlikteki kayaçları aşındırarak, bünyesine bu kayaçların mineral ve tuzluluk özelliklerini almaktadırlar. Yeryüzüne çıktıklarında ise, yüzeysel akış sularıyla karışarak bu suların fiziksel, kimyasal, biyolojik yapılarını bozmaktadırlar. Yüksek sıcaklık içeren jeotermal kaynak suları, hem hayvanların hem de bitkilerin zarar görmesine neden olmaktadır. Yeraltından büyük miktarda su çekilmesi ile rezervuar gözenekleri boşalmakta ve bunun sonucunda çökmeler görülebilmektedir. Bunun yanı sıra, sondajlı çalışmalar sonucu üretilen akışkanlarda çeşitli kimyasal kirleticilerle karşılaşılmaktadır (bor, arsenik, lityum vb). Ancak bu sorun, uygun ortam şartlarında tekrar enjeksiyon yapılarak aşılmaya çalışılmaktadır. Jeotermal akışkanların sondaj kuyularında ve tesisatta akışı sırasında tortulaşma ve korozyon problemleriyle de karşılaşılmaktadır. Bu durumlar, rezervuar basıncının yüksek tutulması veya korozyon önleyici inhibitörlerin kullanımı ile engel olunmaktadır."
*Jeotermal akışkanların, nehir veya akarsuya deşarj edilmesi durumunda yüzeysel su kirliliği oluşmaktadır. Jeotermal kirleticiler, sucul ekosistem ve karasal ortamı etkilemektedir. Ayrıca bu kirleticiler, yüzeysel sulara karışarak su kimyasını büyük ölçüde değiştirebilmektedir. *Jeotermal atıksular ciddi miktarlarda bor içermektedir. Aynı zamanda, lityum, arsenik, cıva, hidrojen sülfür ve amonyak gibi çeşitli kirleticileri de bulundurabilmektedirler.
*Günümüzde, jeotermal atıksuyun uzaklaştırılması için en çok kullanılan yöntem kullanılan suyun yeraltına yeniden enjekte edilmesidir. Tekrar enjeksiyon işlemi ile hem kirlilik problemleri elimine edilmekte hem de sıcak suyun tekrar rezervuara beslenmesi sağlanarak ısı ve hidrolik kayıplar azaltılmaktadır. Fakat bu durum pratikte birçok jeotermal sahada uygulanamamakla birlikte kirlilik ve doğal afet sorunlarını da beraberinde getirmektedir.
*Bu sorunlar hatalı tekrar enjeksiyon sonucunda yeraltı suyu kirliliği ve mikro depremler olarak bilinmektedir.
Ek olarak, giderek artan kullanım nedeniyle çeşitli bertaraf yöntemlerinin araştırılması gerekmektedir. Bu bağlamda, çeşitli kirleticiler içeren jeotermal suların verimli ve ekonomik arıtma yöntemleriyle arıtılması gerekmektedir. En çok kullanılan arıtma yöntemleri; iyon değişimi, adsorpsiyon, elektrokoagülasyon, ultrafiltrasyon, nanofiltrasyon, ters osmoz ve çeşitli hibrit proseslerdir. Bu arıtma teknikleri ile jeotermal suların içerdiği çeşitli kirleticiler uzaklaştırılarak sulama ve benzeri amaçlı kullanımı sağlanabilmektedir"dedi